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分子模型数据库（英语：Molecular Modeling Database，MMDB）是一个实验测定的生物大分子的三维立体结构数据库，由美国国家生物技术信息中心运营。
The Molecular Modeling Database (MMDB) is a database of experimentally determined three-dimensional biomolecular structures and hosted by the National Center for Biotechnology Information.
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