基因水平转移（英语：horizontal gene transfer，缩写：HGT）又称水平基因转移或基因侧向转移（lateral gene transfer，缩写：LGT），指生物将遗传物质传递给其他细胞而非其子代的过程，例如：接合、转导及转化与此相对，“基因垂直传递”指生物由其祖先继承遗传物质。遗传学一般关心更为普遍的垂直传递，但目前的知识表明，基因水平转移是一个重要的现象。由于此现象的存在，使生物早期的演化关系更为复杂。

水平基因转移是细菌抗生素抗药性的主要原因，并且在细菌可降解新型化合物例如人类创建的杀虫剂进化中起着重要作用，并在进化，维护和传输毒性的重要原因 。这种基因水平转移经常涉及温和的噬菌体和质粒。

Horizontal gene transfer (HGT) is the movement of genetic material between unicellular and/or multicellular organisms other than via vertical transmission (the transmission of DNA from parent to offspring.) HGT is synonymous with lateral gene transfer (LGT) and the terms are interchangeable. HGT has been shown to be an important factor in the evolution of many organisms.