旗舰（Flagship）亦称指挥舰，是海军舰队、海上舰艇编队的指挥所，或是舰队、编队司令官所在的舰。由于海军传统，会把本舰指挥官官职旗（rank flag）悬挂于桅杆，而舰队司令官也有其特定旗帜，当指挥官在某特定船舰上，该舰应升起其官职旗。所以此舰称为指挥官的「旗舰」。

因此，「旗舰」并非一个舰队中某个固定的船舰。在早期风帆时代，军舰以大取胜，而且指挥官与其幕僚也需要较大空间进行作战计划和会议讨论，所以指挥官通常搭乘舰队最大之军舰，此舰是固定的，非不得已（如战损）不会变动。但20世纪以后，军舰空间增大、防护增强、通信技术改良，主要水面舰都能提供指挥服务，因此舰队指挥官也逐渐以舰队中速度最快、指挥技术条件最好的船只为旗舰，为保证指挥官的安全一般是以巡洋舰作为旗舰，而不是最大船舰（例如航空母舰或战列舰）。

A flagship is a vessel used by the commanding officer of a group of naval ships, reflecting the custom of its commander, characteristically a flag officer, flying a distinguishing flag. Used more loosely, it is the lead ship in a fleet of vessels, typically the first, largest, fastest, most heavily armed, or best known.