原子理论（英语：atomic theory）是物理学和化学领域中有关物质本质的科学理论。与物质无限可分的概念相反，依据原子理论，物质是由一个个离散单元原子所构成。

原子起初是一个自然哲学概念。西方对于原子的称呼来自于古希腊语的ατομος（意为“不可分割的”）。而中文中，原子早前的译名“莫破”也来源于此 。原子这一概念由于与基督教教义抵触一度被弃置，直到近代才被重拾。

18世纪末，在化学领域里，人们发现物质在化学变化过程中一系列可确切描述的规律。这为原子理论成为一个科学理论提供了实验依据。19世纪初，道尔顿提出了他的原子理论来解释化学中的现象。而有关原子是否真实存在的争论，直到20世纪初爱因斯坦从分子运动论角度解释布朗运动，并得到实验验证后，才真正得到肯定答案。

In chemistry and physics, atomic theory is a scientific theory of the nature of matter, which states that matter is composed of discrete units called atoms. It began as a philosophical concept in ancient Greece and entered the scientific mainstream in the early 19th century when discoveries in the field of chemistry showed that matter did indeed behave as if it were made up of atoms.