小隐孢子虫（学名：Cryptosporidium parvum）是引起隐孢子虫病的其中一种病原寄生虫，主要寄生在哺乳动物的肠道。

感染的主要途径是饮用了含小隐孢子虫卵囊(Oocysts)的水所引起。在健康的人类宿主体中，132个卵囊就可引起感染症状，小隐孢子虫的生活史和其他隐孢子虫属的种相似，在受感染的肠道细胞中，可以发现孢子体(sporozoites)和裂殖子(merozoites)。

在患有爱滋病或正在接受免疫抑制疗程的免疫功能不全的病患，也有感染小隐孢子虫的风险，严重可能会致死。

诊断是否被小隐孢子虫感染，可用血清测试，或使用acid-fas染色法配合显微镜观察。

Cryptosporidium parvum is one of several protozoal species that cause cryptosporidiosis, a parasitic disease of the mammalian intestinal tract.

Primary symptoms of C. parvum infection are acute, watery, and non-bloody diarrhea. C. parvum infection is of particular concern in immunocompromised patients, where diarrhea can reach 10–15L per day. Other symptoms may include anorexia, nausea/vomiting and abdominal pain. Extra-intestinal sites include the lung, liver and gall bladder where it causes respiratory cryptosporidosis, hepatitis and cholecystitis.